中国的物流园区还存在不少的问题，主要表现在几个方面，一个是物流园战略还不够清晰，包括价值体系的设计、体系的设置，以及功能定位和核心布局，还有很大的改善空间。 很多地区的园区是分化的，有些地区的园区是闲置的，有些园区是作为圈地目的，没有进行科学需求分析，要对地区未来的需求作分析，然后作科学的规划。
还有运营方面的问题，这个运营方面包括业务流程、功能设施、定价体系，技术支撑、标准、诚信体系建设。 土地、资金、人才这些方面还比较缺乏。园区与园区之间的互联互通不足。未来的园区需要进行互联互通，进行大规模的社会化协同，但是我们现在目前还是分散发展的。
中国物流园区还存在一些挑战，一个挑战就是说数字化的浪潮。因 为过去园区大部分是工业化前中期的基础设施，但是面向未来，我们未来的发展，比如说像德国提出智能服务世界，工业3.0到4.0到5.0，数字化的进程，再加上数字化的商业模式，才能形成智能化的世界，从而对生产、流通、消费，对第一、二、三产业进行很好的支撑。
很多平台型的物流企业、数字化的物流平台对传统的物流园区带来很大的冲击，这些数字平台需要的实体的物理面积越来越小，但是它们可以无边界地进行整合资源，对传统的物流园区带来很大的挑战，另外就是消费的升级，生产方式、流通方式、生活方式的变化，个性化需求，会对物流园区带来挑战。因为这个世界是快的，你只有对世界作出迅速的反应，才能取得更多的胜利。
另外就是供给侧方面的问题，比如土地要素价格不断的上升，另 外就是政策的协调方面存在一些问题，特别是有些地区，它进行功能疏解，把一些物流园区疏解出去了，另外物流园区在一些城市地位还有待提升，有些时候规划中的协调、用地保障，一些法律法规都需要健全和完善。一些当地的政策，某种程度上制约了物流园区的发展。
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